Grupo de Estudo em Modelagem Molecular - Sala E-303

Nesta quinta-feira 18/6 às 17:30 na sala E-303 faremos um novo encontro. 

Vamos discutir os seguintes temas:

1) Mostrar algumas propostas pra projetos de iniciação científica em modelagem molecular ou as possibilidades de parceria com outros professores da UTF, UFPR e USP. Algumas das linhas de pesquisa que venho trabalhando são na análise de materiais, farmacologia, biotecnologia e modelagem no ensino.

2) Verificar se todos tem o VegaZZ e o NAMD instalados. No meu computador só funcionou a versão 32bit do NAMD.

3) Realizar a dinâmica molecular de uma molécula pequena e investigar as possibilidades de estudo

Baixem o arquivo de parâmetros

http://modelagemmolecularensino.blogspot.com.br/2015/06/aula-sobre-mecanica-molecular-de.html

Grupo de estudo em modelagem molecular - quinta-feira 17h30 E-303

Floresta de Nanotubos de carbono gerada com o DS

Nesta quinta-feira 11/6 às 17:30 na sala E-303 faremos um novo encontro. A proposta será a seguinte:

1) Conferir quem conseguiu fazer a estrutura do nanodispositivo.

2) Gostaria que vocês criassem uma estrutura nanomolecular qualquer com o DS. Quero saber sobre o que vocês tem interesse na área de materiais ou molecular/biomolecular. Desenvolver uma "super droga"? Um material avançado com superfície ultra hidrofóbica constituída por nanotubos? Será que este material inventado pode ser um dia sintetizado? Vamos discutir as possibilidades de estudo em função das sugestões de vocês. Vejam anexo a minha floresta de nanotubos. Qual deve ser a densidade de nanotubos adequada para que haja ressonância entre as estruturas? Efeitos de ressonância podem destruir a estrutura ou levar ao desenvolvimento de propriedades interessantes.... A regra é que o nanomaterial deve ter estrutura química plausível.

3) Verificar se todos tem o VegaZZ e o NAMD instalados. No meu computador só funcionou a versão 32bit do NAMD.

4) Realizar a primeira dinâmica molecular de uma molécula simples.

Assim com esta etapa vocês serão capazes de estudar o comportamento dinâmico das estruturas e futuramente poderão descrever a

1) Análise conformacional

2) Propriedades mecânicas (tensão x deformação)

3) Propriedades termodinâmicas 

4) Atividade química de compostos

5) Atividade biológica de compostos

Arquivo de Parâmetros FF (force field)

Baixem este arquivo de parâmetros do campos de força (force field - FF)
https://drive.google.com/folderview?id=0B1Ze8M0XruPgflhPV3V6UXcxSVQzUnVhdGhESlJQNVdGN2wtV2RUVVUwOEpCU0tSdkhSWlU&usp=sharing

Atividade: Construção de nanodispositivo como o DS

Como última atividade dos recursos do DS vamos construir um nanodispositivo constituído de uma única molécula. Este estudo teórico/experimental foi publicado na revista Nature em maio de 2015 (http://www.nature.com/nnano/journal/v10/n6/index.html "Single-molecule diodes with high rectification ratios through environmental control") e enviado pelo aluno Emilio Jr. do nosso grupo.

| DOI: 10.1038/NNANO.2015.97

| DOI: 10.1038/NNANO.2015.97

Utilizem o recurso Structure > Crystal cell para construir o anodo e o catodo de ouro (segundo as informações cristalográficas https://www.webelements.com/gold/crystal_structure_pdb.html)

O Resultado deve ser algo do tipo:

Arquivos pdf das aulas do grupo de estudo

https://drive.google.com/folderview?id=0B1Ze8M0XruPgfjcwMFJSY1BHQk43aS1QZEpqVDAzdHJxZ0tWMnExRVJhQUJ6T19EaTRGMEU&usp=sharing

Próximo encontro, quinta 28/5 às 17h30 - sala E-303

Esta quinta às 17h30 na sala E-303 faremos um novo encontro. A partir desta aula iniciaremos efetivamente a usar a modelagem molecular pra estudar algumas propriedades dos materiais e moléculas em nanoescala.

Peço que vocês baixem o VegaZZ e o NAMD. Lembrem que não é possível baixar os programas via rede da UTF.

As atividades serão as seguintes:

1) Verificar se todos baixaram o NAMD e o VegaZZ, instalaram e obtiveram a licença de uso do software.

Observe que o NAMD não precisa ser instalado. Apenas descompacte o arquivo e coloque no diretório (no meu computador está no: C:\Program Files(x86)\VEGAZZ\NAMD)

Qualquer dúvida vejam:

http://modelagemmolecularensino.blogspot.com.br/2015/05/programas-de-dinamica-molecular.html

2) Fazer alguns testes se o programa está funcionando

3) Discutir o que é a dinâmica molecular clássica

4) Rodar uma dinâmica de um sistema simples seguindo o tutorial 

http://www.ks.uiuc.edu/Training/TutorialsOverview/namd/namd-tutorial-win.pdf

Qq dúvida estarei na sala a partir das 17h

Abraços

Dinâmica Molecular (MD) realizada com o NAMD para o estudo da estrutura proteica do vírus HIV (http://www.ks.uiuc.edu).

Próximo encontro, quinta 21/5 às 17h30 - sala E-303

Olá pessoal,

Nesta quinta às 17h30 na sala E-303 faremos um novo encontro sobre modelagem molecular.

As atividades serão as seguintes:

1) Terminar a atividade sobre nanotubos, fulerenos e grafenos.

2) Estudar os arquivos das estruturas moleculares xyz, pdb e mol2.

3) Investigar a dinâmica da Bacteriorrodopsina