Próximo encontro, quinta 28/5 às 17h30 - sala E-303

Esta quinta às 17h30 na sala E-303 faremos um novo encontro. A partir desta aula iniciaremos efetivamente a usar a modelagem molecular pra estudar algumas propriedades dos materiais e moléculas em nanoescala.

Peço que vocês baixem o VegaZZ e o NAMD. Lembrem que não é possível baixar os programas via rede da UTF.

As atividades serão as seguintes:

1) Verificar se todos baixaram o NAMD e o VegaZZ, instalaram e obtiveram a licença de uso do software.

Observe que o NAMD não precisa ser instalado. Apenas descompacte o arquivo e coloque no diretório (no meu computador está no: C:\Program Files(x86)\VEGAZZ\NAMD)

Qualquer dúvida vejam:

http://modelagemmolecularensino.blogspot.com.br/2015/05/programas-de-dinamica-molecular.html

2) Fazer alguns testes se o programa está funcionando

3) Discutir o que é a dinâmica molecular clássica

4) Rodar uma dinâmica de um sistema simples seguindo o tutorial 

http://www.ks.uiuc.edu/Training/TutorialsOverview/namd/namd-tutorial-win.pdf

Qq dúvida estarei na sala a partir das 17h

Abraços

Dinâmica Molecular (MD) realizada com o NAMD para o estudo da estrutura proteica do vírus HIV (http://www.ks.uiuc.edu).