Monday, March 9, 2015

Primeira atividade de modelagem molecular

1) Baixar e instalar o programa Discovery Studio Visualizer (DS)
http://accelrys.com/products/discovery-studio/visualization-download.php
A versão atual é a 4.1 e esta pode ser muito 'pesada', se for eu passo a vocês uma versão anterior.

Este programa é bem fácil de usar, com diversos recursos de análise biomolecular mas também com elementos de cristalografia. O módulo "visualizer" é grátis.

2) Alguns tutoriais sobre o DS

Tutoriais do Sam que está no nosso grupo de estudo
https://www.youtube.com/playlist?list=PLzkEXsrocQ0XsrXDUhK08idCrFMtKNBGR

Breve tutorial sobre o DS

Outras apresentações do DS 
https://www.youtube.com/watch?v=-wHWNzsstDY


3) Criar algumas moléculas simples e verificar se são quimicamente corretas em termos do número de ligações, ligações saturadas com hidrogênio. Observem a estereoquímica das moléculas, se são planas, apresentam ângulo de torção, etc. (usem o recurso - clean geometry- para deixá-la na conformação correta)









4) Utilizem o recurso build and edit nucleic acid para criar um DNA. Vejam as várias formas de "crescer" o DNA. Façam uma sequência CGAGCGATAT e meçam as distâncias entre as bases nitrogenadas.

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