Wednesday, July 1, 2015

Grupo de estudo em modelagem molecular - Quinta-feira 2 de julho 17h30 sala E-303

Nesta quinta-feira iremos analisar os resultados obtidos da Dinâmica Molecular do dímero de alanina. Para gerar um maior número de conformações utilizem 1.000.000 passos. Na guia "Ouptut" do NAMD insiram "Trajectory frequency: 500" e "Output frequency: 500". Guardem estes resultados para analisar durante a aula.

Através deste estudo iremos aumentar o grau de complexidade da biomolécula até criar um polipeptídio. Vamos também estudar o efeito de diferentes solventes na estrutura do biopolímero. 

Wednesday, June 17, 2015

Grupo de Estudo em Modelagem Molecular - Sala E-303

Nesta quinta-feira 18/6 às 17:30 na sala E-303 faremos um novo encontro. 
Vamos discutir os seguintes temas:

1) Mostrar algumas propostas pra projetos de iniciação científica em modelagem molecular ou as possibilidades de parceria com outros professores da UTF, UFPR e USP. Algumas das linhas de pesquisa que venho trabalhando são na análise de materiais, farmacologia, biotecnologia e modelagem no ensino.

2) Verificar se todos tem o VegaZZ e o NAMD instalados. No meu computador só funcionou a versão 32bit do NAMD.

3) Realizar a dinâmica molecular de uma molécula pequena e investigar as possibilidades de estudo

Baixem o arquivo de parâmetros


Wednesday, June 10, 2015

Grupo de estudo em modelagem molecular - quinta-feira 17h30 E-303

Floresta de Nanotubos de carbono gerada com o DS

Nesta quinta-feira 11/6 às 17:30 na sala E-303 faremos um novo encontro. A proposta será a seguinte:

1) Conferir quem conseguiu fazer a estrutura do nanodispositivo.

2) Gostaria que vocês criassem uma estrutura nanomolecular qualquer com o DS. Quero saber sobre o que vocês tem interesse na área de materiais ou molecular/biomolecular. Desenvolver uma "super droga"? Um material avançado com superfície ultra hidrofóbica constituída por nanotubos? Será que este material inventado pode ser um dia sintetizado? Vamos discutir as possibilidades de estudo em função das sugestões de vocês. Vejam anexo a minha floresta de nanotubos. Qual deve ser a densidade de nanotubos adequada para que haja ressonância entre as estruturas? Efeitos de ressonância podem destruir a estrutura ou levar ao desenvolvimento de propriedades interessantes.... A regra é que o nanomaterial deve ter estrutura química plausível.

3) Verificar se todos tem o VegaZZ e o NAMD instalados. No meu computador só funcionou a versão 32bit do NAMD.

4) Realizar a primeira dinâmica molecular de uma molécula simples.

Assim com esta etapa vocês serão capazes de estudar o comportamento dinâmico das estruturas e futuramente poderão descrever a
1) Análise conformacional
2) Propriedades mecânicas (tensão x deformação)
3) Propriedades termodinâmicas 
4) Atividade química de compostos
5) Atividade biológica de compostos

Tuesday, June 2, 2015

Atividade: Construção de nanodispositivo como o DS

Como última atividade dos recursos do DS vamos construir um nanodispositivo constituído de uma única molécula. Este estudo teórico/experimental foi publicado na revista Nature em maio de 2015 (http://www.nature.com/nnano/journal/v10/n6/index.html "Single-molecule diodes with high rectification ratios through environmental control") e enviado pelo aluno Emilio Jr. do nosso grupo.

| DOI: 10.1038/NNANO.2015.97
| DOI: 10.1038/NNANO.2015.97






















Utilizem o recurso Structure > Crystal cell para construir o anodo e o catodo de ouro (segundo as informações cristalográficas https://www.webelements.com/gold/crystal_structure_pdb.html)

O Resultado deve ser algo do tipo: