Arquivos pdf das aulas do grupo de estudo

https://drive.google.com/folderview?id=0B1Ze8M0XruPgfjcwMFJSY1BHQk43aS1QZEpqVDAzdHJxZ0tWMnExRVJhQUJ6T19EaTRGMEU&usp=sharing

Próximo encontro, quinta 28/5 às 17h30 - sala E-303

Esta quinta às 17h30 na sala E-303 faremos um novo encontro. A partir desta aula iniciaremos efetivamente a usar a modelagem molecular pra estudar algumas propriedades dos materiais e moléculas em nanoescala.

Peço que vocês baixem o VegaZZ e o NAMD. Lembrem que não é possível baixar os programas via rede da UTF.

As atividades serão as seguintes:

1) Verificar se todos baixaram o NAMD e o VegaZZ, instalaram e obtiveram a licença de uso do software.

Observe que o NAMD não precisa ser instalado. Apenas descompacte o arquivo e coloque no diretório (no meu computador está no: C:\Program Files(x86)\VEGAZZ\NAMD)

Qualquer dúvida vejam:

http://modelagemmolecularensino.blogspot.com.br/2015/05/programas-de-dinamica-molecular.html

2) Fazer alguns testes se o programa está funcionando

3) Discutir o que é a dinâmica molecular clássica

4) Rodar uma dinâmica de um sistema simples seguindo o tutorial 

http://www.ks.uiuc.edu/Training/TutorialsOverview/namd/namd-tutorial-win.pdf

Qq dúvida estarei na sala a partir das 17h

Abraços

Dinâmica Molecular (MD) realizada com o NAMD para o estudo da estrutura proteica do vírus HIV (http://www.ks.uiuc.edu).

Próximo encontro, quinta 21/5 às 17h30 - sala E-303

Olá pessoal,

Nesta quinta às 17h30 na sala E-303 faremos um novo encontro sobre modelagem molecular.

As atividades serão as seguintes:

1) Terminar a atividade sobre nanotubos, fulerenos e grafenos.

2) Estudar os arquivos das estruturas moleculares xyz, pdb e mol2.

3) Investigar a dinâmica da Bacteriorrodopsina 

Programas de dinâmica molecular

Instalação dos programas VegaZZ (interface gráfica) e NAMD (programa para rodar a dinâmica molecular)


O NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics) é um programa para rodar a dinâmica molecular, ou seja estudar o movimento das estruturas a temperatura ambiente.
Através da dinâmica molecular podemos investigar desde a ação de medicamentos em biomoléculas até propriedades estruturais e termodinâmicas de materiais avançados. Ou seja, a 'brincadeira' começa aqui!!
O VegaZZ é uma interface gráfica para a visualização molecular assim como o DS.


Pergunta: Mas então por que instalar uma outra interface gráfica se já tenho o DS?
Resposta: O DS é um dos programas mais práticos pra visualizar e construir estruturas moleculares e cristalinas. Mas com ele você não consegue rodar a dinâmica molecular (na versão free). O VegaZZ tem uma interface prática pra dinâmica mas sem recursos de edição molecular....

Baixar o programa VegaZZ:  precisa se cadastrar no site, etc
http://nova.disfarm.unimi.it/cms/index.php?Software_projects:VEGA_ZZ

Baixar o programa NAMD: precisa se cadastrar no site, etc
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
ou
http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=NAMD

Observe que o NAMD não precisa ser instalado. Apenas descompacte o arquivo e coloque no diretório C:\Program Files(x86)\VEGAZZ\NAMD

Então pros próximos encontros fica combinado que vocês vão baixar e instalar os programas. :-)

O que pode dar um pouco mais de trabalho é colocar os dois pra funcionar juntos. Pra quem tem mais prática em instalação de programas já pode ir adiantando e ensinando os demais. Se não, vamos fazer isso nos encontros.

Após a instalação vamos rodar o tutorial pra aprender sobre dinâmica molecular.

Rodar o tutorial
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/namd-index.html
ou
http://www.ks.uiuc.edu/Training/TutorialsOverview/namd/namd-tutorial-win.pdf
ou
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/namd/namd-tutorial-win-html/index.html

Vídeo aulas sobre o Discovery Studio Visualizer (DS)

Vejam as vídeo aulas do DS no site Ciência curiosa

http://www.cienciacuriosa.com.br/category/cursos/ds/

Estruturas - Nanotubo de Carbono, Grafeno e Fulereno - 3o encontro de Modelagem Molecular

Façam download das seguintes estruturas para a 3a aula de modelagem molecular:

https://drive.google.com/folderview?id=0B1Ze8M0XruPgflJtRUNxNDJuVE43QjNXc1pwODJIQXJLYnJLQW1FcUtPb1NtNlo5Wl9ITUk&usp=sharing

Obs.: se algum arquivo não for reconhecido pelo seu computador faça o seguinte: 
Clique no arquivo com o botão direito.  Selecione "Abrir com". Clique em "Mais opções". Selecione o programa Discovery Studio.
Outra opção é abrir o DS e em "open" abrir o arquivo .xyz.

• Observe as diferenças entre os nanotubos quirais (n,m), armchair (n,n) e zigzag (n,0) do arquivo "Tipos_nanotubo.dsv"
• Meça o raio e o comprimento dos diferentes nanotubos
• Você consegue através de uma folha de grafeno (arquivo "Grafeno_armchair.xyz") construir um nanotubo?
• Abra os demais arquivos de nanotubo, utilize a função "clean geometry" do DS e verifique o que acontece. Como você explica o que aconteceu? 

Utilize também os arquivos com os fulerenos (arquivos com terminação cif) e tente criar uma nano cápsula:

Vejam por exemplo no seguinte link:
http://www.cem.msu.edu/~cem181fp/nanotube/iefuture.html

Dinâmica Molecular de glicose em água

Dinâmica molecular realizada a temperatura ambiente. As ligações de hidrogênio entre moléculas de água são representadas em azul. Em vermelho são as ligações de hidrogênio entre a glicose e as moléculas de H2O.

Grupo de estudo - quinta 7/maio às 17h30 sala N-105

Nesta quinta-feira 7/maio às 17h30 na sala N105 (DAFIS) vamos fazer o segundo encontro sobre modelagem. Como há novos alunos, irei retomar alguns tópicos do primeiro encontro. As atividades propostas são as seguintes:

1) Apresentação geral sobre a MM e duas possibilidades de estudo:

1.1) Química forense: estudo sobre drogas ilícitas, heroína e morfina.

1.2) Nutrição (carboidratos, proteínas e lipídios)

2) Verificar se todos conseguiram instalar o programa Discovery Studio (DS)

3) Investigar as estruturas criadas na primeira atividade (http://modelagemmolecularensino.blogspot.com.br/2015/03/primeira-atividade-de-modelagem.html)

Observar a ordem de ligação, a carga eletrônica dos compostos etc.

4) Utilizar o recurso "Metal templates" e "Macromolecules" do DS

5) Um pouco sobre a teoria da modelagem molecular

Quem quiser pode trazer o próprio notebook/netbook pra acompanhar as atividades mas não é obrigatório porque apresentarei no projetor. A duração da "aula" será de aprox. 1h

Nanorobôs de DNA

Algumas ideias para utilizar a modelagem molecular unindo biologia e computação.
http://www.polyteck.com.br/polyteck-digital/polyteck-no-11/

Apresentação sobre Dinâmica Molecular