Código computacional de Dinâmica Molecular Clássica

Código aberto de Dinâmica Molecular:
http://www.gromacs.org/


A versão abaixo funciona em Windows:

http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Gromacs_binaries/i686%2f%2fMS_Windows

Baixar o arquivo:
gromacs_win32.zip


Tutorial do gromacs em português:
http://fisbio.fcfrp.usp.br/index.php/component/attachments/download/124

Este tutorial tem algumas dicas de instalação em Linux e também alguns comandos básicos. A instalação no windows deve ser mais direta.



Descrição dos Campos de Força - Discovery Studio - Accelrys:

~/Accelrys/DiscoveryStudio40/share/forcefield/charmm36/par_all36_accelrys.prm

Leia o arquivo (par_all36_accelrys.prm) contendo o banco de dados do "Campo de Força" para os tipos atômicos. Abaixo apresento algumas informações sobre a constante de mola da ligação H-O da molécula de H2O.

A energia potencial é do tipo: V(bond) = Kb(b - b0)**2

A constante de mola pra ligação H-O é: Kb = 450.0 kcal/mole/A**2

A posição de equilíbrio é: b0 = 0.9572 A

BONDS
!
!toppar_water_ions.str
!
!V(bond) = Kb(b - b0)**2
!
!Kb: kcal/mole/A**2
!b0: A
!
!atom type Kb          b0
!
HT    OT    450.0       0.9572  ! from TIPS3P geometry
(...)