Nova fonte de luz feita com nanotubos de carbono

Mais informações no site
http://www.ifsc.usp.br/~ineo/news/index.php?pos_id=1164

Utilização de grafeno duplica a produção de eletricidade em biocélulas a combustível

Mais informações no site
http://www.ifsc.usp.br/~ineo/news/index.php?pos_id=1163

Superfície de potencial eletrostático no DS

Estrutura da enzima 3LIP

Superfície de potencial eletrostático. Em vermelho são as regiões negativas referentes aos oxigênios polares. Em azul o potencial positivo referente aos  sítios de NH.

Combinação translúcida.

O DS tem uma série de recursos para auxiliar na visualização molecular/cristalina. Crie superfícies de potencial eletrostático via: structure -> surface -> add...
Verifique as diferentes possibilidades no menu surface, ou clicando com o botão direito na superfície criada.

Código computacional de Dinâmica Molecular Clássica

Código aberto de Dinâmica Molecular:
http://www.gromacs.org/


A versão abaixo funciona em Windows:

http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Gromacs_binaries/i686%2f%2fMS_Windows

Baixar o arquivo:
gromacs_win32.zip


Tutorial do gromacs em português:
http://fisbio.fcfrp.usp.br/index.php/component/attachments/download/124

Este tutorial tem algumas dicas de instalação em Linux e também alguns comandos básicos. A instalação no windows deve ser mais direta.



Descrição dos Campos de Força - Discovery Studio - Accelrys:

~/Accelrys/DiscoveryStudio40/share/forcefield/charmm36/par_all36_accelrys.prm

Leia o arquivo (par_all36_accelrys.prm) contendo o banco de dados do "Campo de Força" para os tipos atômicos. Abaixo apresento algumas informações sobre a constante de mola da ligação H-O da molécula de H2O.

A energia potencial é do tipo: V(bond) = Kb(b - b0)**2

A constante de mola pra ligação H-O é: Kb = 450.0 kcal/mole/A**2

A posição de equilíbrio é: b0 = 0.9572 A

BONDS
!
!toppar_water_ions.str
!
!V(bond) = Kb(b - b0)**2
!
!Kb: kcal/mole/A**2
!b0: A
!
!atom type Kb          b0
!
HT    OT    450.0       0.9572  ! from TIPS3P geometry
(...)

Modelagem Molecular em Sistemas Cristalinos

Download de programas e estruturas

1) Baixar DS (Discovery Studio), VMD ou pymol

Discovery Studio Visualizer

http://accelrys.com/products/discovery-studio/visualization-download.php

VMD

http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD

2) Baixar as estruturas cristalográficas de interesse nos bancos de dados:
http://webmineral.com/ 


Óxido de grafeno

Dióxido de titânio
http://webmineral.com/jpowd/JPX/jpowd.php?target_file=Ti2O.jpx#.VEBFc-aO05M

Óxido de Zinco

Óxido de estanho

http://webmineral.com/jpowd/JPX/jpowd.php?target_file=SnO.jpx#.VEBFweaO05M

3) Investigar as estruturas nos arquivos xyz, mol2, csd, cif...



4) Sites com informações cristalográficas

Introduction to Space Groups

http://www.ruppweb.org/Xray/tutorial/spcgrp_tut.htm

Table of Space Group Symbols

http://www.cryst.ehu.es/cgi-bin/cryst/programs/nph-getgen

_________________________

Tutoriais:

Breve tutorial sobre o DS

https://www.youtube.com/watch?v=u1tlS0B1LT8

Apresentação media

https://www.youtube.com/watch?v=16qpxdASHic

Apresentação do DS da Acccelys

https://www.youtube.com/watch?v=rZSEmZw5LyY