1) Criar um arquivo
de um dipeptídio de Alanina (Ala2) no DS
Observe as características físicas, químicas e estruturais dos diferentes aminoácidos (carga elétrica, volume dos diferentes aminoácidos, capacidade de ser doador/aceitador de ligação de hidrogênio, hidrofobicidade, etc). Todos os aminoácidos tem em comum a estrutura do backbone, se diferenciando pela cadeia lateral.
2) Salvar o arquivo criado como pdb
(Ala2.pdb) e o coloque em um diretório específico (por exemplo: Modelagem)
Abra o arquivo pdb com um editor de texto (notepad++, notepad, wordpad, word) e procure entender as informações contidas nele.
3) Abrir o arquivo Ala2.pdb com o VegaZZ
Os arquivos do NAMD na versão 32bit já devem estar dentro do
dir NAMD no diretório do VegaZZ
O dímero de alanina deve aparecer na tela do VegaZZ,
4) Associar aos tipos
atômicos e as cargas parciais
Calculate
> Charge & Pot.
Selecione
FF: CHARMM
Charges CHARMM22_CHAR
5) Criar o arquivo de
topologia (arquivo que associa as coordenadas com os parâmetros do banco de
dados) do campo de força (Force Field - FF). Este arquivo é chamado de psf (protein structure file) mas também
pode ser chamado de arquivo de topologia.
File > Save as > X-Plor (PSF) (Ala2.psf)
6) Abrir o arquivo
Ala2.psf em um editor de texto
Verificar se as identificações dos átomos, as ligações, os
tipos atômicos estão no arquivo
23 !NATOM
22 !NBOND: bonds
39 !NTHETA: angles
49 !NPHI: dihedrals
9 !NIMPHI:
impropers
7) Copiar o arquivo
do banco de dados (Force Field –FF) parm.prm
para o diretório de estudo
8) Fazer uma cópia de backup destes três arquivos em um diretório chamado OLD/backup/guardar, etc
Realizar uma minimização estrutural no dímero de alanina
1) Calculate
> NAMD
2) Run mode
– Prepare the input files only
3) Na Guia Basic
Calculate Type -> Conjugate gradient minimization
Selecionar 3000 passos
4) Guia input:
Selecione:
ForceField (CHARMM)
Coordinate
PDB file: Ala2.pdb
PSF file: Ala2.psf
Parameter file: parm.prm
5) Run (grava o arquivo de input)
Abrir o arquivo Ala2.namd e verifique se as informações foram gravadas.
Run mode:
6) Selecione -> Run NAMD in interactive mode
Run
Observe a estrutura sendo relaxada.
7) Analise o resultado: Calculate -> Analysis; Abra o arquivo de trajetória (dcd)
Se não conseguir rodar, tente com os arquivos que funcionaram no meu computador:
https://drive.google.com/file/d/0B1Ze8M0XruPgdWp3djc4Y0ZnTXM/view?usp=sharing
Se mesmo assim nada funcionar tente reinstalar o VegaZZe baixe novamente o NAMD na versão 32bit.
Se mesmo assim nada funcionar tente reinstalar o VegaZZe baixe novamente o NAMD na versão 32bit.
