Vídeo aulas sobre o Discovery Studio Visualizer (DS)

Vejam as vídeo aulas do DS no site Ciência curiosa

http://www.cienciacuriosa.com.br/category/cursos/ds/

Estruturas - Nanotubo de Carbono, Grafeno e Fulereno - 3o encontro de Modelagem Molecular

Façam download das seguintes estruturas para a 3a aula de modelagem molecular:

https://drive.google.com/folderview?id=0B1Ze8M0XruPgflJtRUNxNDJuVE43QjNXc1pwODJIQXJLYnJLQW1FcUtPb1NtNlo5Wl9ITUk&usp=sharing

Obs.: se algum arquivo não for reconhecido pelo seu computador faça o seguinte: 
Clique no arquivo com o botão direito.  Selecione "Abrir com". Clique em "Mais opções". Selecione o programa Discovery Studio.
Outra opção é abrir o DS e em "open" abrir o arquivo .xyz.

• Observe as diferenças entre os nanotubos quirais (n,m), armchair (n,n) e zigzag (n,0) do arquivo "Tipos_nanotubo.dsv"
• Meça o raio e o comprimento dos diferentes nanotubos
• Você consegue através de uma folha de grafeno (arquivo "Grafeno_armchair.xyz") construir um nanotubo?
• Abra os demais arquivos de nanotubo, utilize a função "clean geometry" do DS e verifique o que acontece. Como você explica o que aconteceu? 

Utilize também os arquivos com os fulerenos (arquivos com terminação cif) e tente criar uma nano cápsula:

Vejam por exemplo no seguinte link:
http://www.cem.msu.edu/~cem181fp/nanotube/iefuture.html

Dinâmica Molecular de glicose em água

Dinâmica molecular realizada a temperatura ambiente. As ligações de hidrogênio entre moléculas de água são representadas em azul. Em vermelho são as ligações de hidrogênio entre a glicose e as moléculas de H2O.

Grupo de estudo - quinta 7/maio às 17h30 sala N-105

Nesta quinta-feira 7/maio às 17h30 na sala N105 (DAFIS) vamos fazer o segundo encontro sobre modelagem. Como há novos alunos, irei retomar alguns tópicos do primeiro encontro. As atividades propostas são as seguintes:

1) Apresentação geral sobre a MM e duas possibilidades de estudo:

1.1) Química forense: estudo sobre drogas ilícitas, heroína e morfina.

1.2) Nutrição (carboidratos, proteínas e lipídios)

2) Verificar se todos conseguiram instalar o programa Discovery Studio (DS)

3) Investigar as estruturas criadas na primeira atividade (http://modelagemmolecularensino.blogspot.com.br/2015/03/primeira-atividade-de-modelagem.html)

Observar a ordem de ligação, a carga eletrônica dos compostos etc.

4) Utilizar o recurso "Metal templates" e "Macromolecules" do DS

5) Um pouco sobre a teoria da modelagem molecular

Quem quiser pode trazer o próprio notebook/netbook pra acompanhar as atividades mas não é obrigatório porque apresentarei no projetor. A duração da "aula" será de aprox. 1h

Nanorobôs de DNA

Algumas ideias para utilizar a modelagem molecular unindo biologia e computação.
http://www.polyteck.com.br/polyteck-digital/polyteck-no-11/

Apresentação sobre Dinâmica Molecular

Da química à computação

Sobre o desenvolvimento de metodologias computacionais que possibilitaram compreender melhor reações químicas de alta complexidade.
http://cienciahoje.uol.com.br/especiais/premio-nobel-2013/da-quimica-a-computacao

http://www.publico.pt/ciencia/noticia/nobel-da-quimica-de-2013-para-modelizacao-de-processos-quimicos-por-computador-1608524